Enquanto Unidade de I&D financiada pela Fundação para a Ciência e a Tecnologia (Ministério da Educação e Ciência) o CIUHCT deve dispor de uma Comissão Externa Permanente de Aconselhamento Científico (CEPAC) (ver artigos 6º e 14º do Regulamento do Programa de Financiamento Plurianual de Unidades de I&D).
A CEPAC é composta por individualidades de reconhecido mérito, devendo incluir investigadores estrangeiros, competindo-lhe analisar o funcionamento da Unidade, devendo, para o efeito, visitá-la anualmente, bem como emitir parecer sobre o plano e o relatório de actividades anuais e o orçamento da unidade, a remeter à FCT.
A composição da CEPAC deve ser comunicada à FCT aquando da entrega do plano de actividades e do orçamento.

O CIUHCT apresentou o Relatório de Progresso de 2011-12, que foi avaliado pela CEPAC.

Os membros da CEPAC do CIUHCT são os seguintes investigadores, que produziram os seguintes relatórios em relação à avaliação de 2011-12:

Aqui estão os relatórios relativos à avaliação de 2010:

Os Relatórios Científicos anuais do CIUHCT remetidos à Fundação para a Ciência e a Tecnologia podem ser consultados AQUI

O relatório intercalar elaborado pelo Conselho Científico das Ciências Sociais e Humanidades da FCT (2011), para o qual ouviu várias unidades de investigação, nomeadamente o CIUHCT, pode ser consultado AQUI. O relatório contém várias recomendações sobre políticas de investigação nestas áreas.